Sokan csak akkor szembesülnek az egészségpénztárak működési modelljével, amikor a befizetésük után kevesebb pénzt látnak a számlájukon, mint amennyit elutaltak. Előfordulhat, hogy 100 ezer forint befizetése után mindössze 94 ezer forintot találunk a számlánkon, noha még semmit sem költöttünk róla. A különbség a pénztár által levont működési költségből adódik.