A kórházban szerzett Clostridioides difficile fertőzés (CDI) profilaxisa során lényeges különbséget tenni az alkalmazott probiotikus törzsek között. A S. boulardii CDI megelőzésében való alkalmazását szakmai irányelv és metaanalízisek is támogatják. Egy retrospektív kohorsz rámutatott arra is, hogy a S. boulardii melyik betegcsoportnál és milyen antibiotikum-terápia esetén kínál az átlagosnál magasabb profilaktikus védelmet.