A kikötő vízterülete a Mosoni-Duna torkolati mű megépítését követően medencés jellegűvé vált, ami azt jelenti, hogy tartós hideg időszakban itt alakul ki elsőként a jég. Ez fokozott figyelmet és folyamatos beavatkozást igényel a biztonságos hajózás fenntartása érdekében. A Duna jegesedési viszonyait figyelembe véve, amíg a folyó hajózható, az igazgatóság a kikötő megközelítését a Neptun jégtörő Jégtöréssel tartják nyitva a Győr–Gönyű közforgalmú kikötőt