Az antibiotikum-kezelés negatív hatással lehet a bélflórára, abban az esetben is, ha nem széles spektrumú antibiotikummal történik a terápia. Nem szabad alábecsülni a jelentőségét annak, hogy csökken az intesztinális mikrobiom diverzitása, teljes mikrobiális közösségek tűnhetnek el, míg patogének (pl. Clostridioides difficile) nyerhetnek teret, illetve fennáll az antibiotikum-rezisztencia-gének terjedésének kockázata.