Nofertiti származását napjainkig homály fedi, egyes források szerint az egyik nagyra törő tanácsadó lánya volt, míg más beszámolók alapján III. Amenhotep gyermekeként jött a világra. Ez utóbbi esetben viszont Ehnaton édestestvére lett volna. Ez a teória amúgy is gyenge lábakon állt, hiszen Nofertiti címei között nem találunk olyanokat, melyek arra utaltak volna, hogy ilyen előkelő ősökkel rendelkezett. Egy harmadik feltételezés szerint Nofertiti valószínűleg nem is egyiptomi származású lehetett, hiszen nevének jelentése így fordítható le magyar nyelvre: „Gyönyörű Jövevény”.