A gyomor- és nyombélfekély kialakulásának oka a károsító tényezők és a védő faktorok egyensúlyának felbomlása. Károsító tényezők a gyomorsav, a maró enzimek túlzott jelenléte, illetve esetleges Helicobacter-fertőzés, melyek külön-külön, de akár együtt is okozhatják a fekélyt, de gyakori a nyálkahártya védekezőképességének csökkenése is.