Mint a járási székhelyeken, így Csepregen is gettóba gyűjtötték össze 1944 május 12-ig a zsidókat. Június közepén Sopronban működő gyűjtőbe hozták az izraelitákat, majd az akkori vármegyeközpont Déli pályaudvaráról vitték őket Auschwitz-Birkenauba, a vesztőhelyre július 5-én. Egy nappal később 6-án állították le a deportálást. Horthy Miklós döntött így, pont akkor, amikor a budapestiek következtek volna.