Az epilepsziás rohamokat számos, változatos megjelenésű, nem epilepsziás eredetű paroxysmalis jelenségtől kell elkülönítenünk. Ezek közül a legfontosabbak: syncope, pszichogén nem epilepsziás roham, migrén, TIA, transiens globális amnézia és egyes parasomniák. Az epilepszia differenciáldiagnózisa során fontos, hogy az epilepsziát elkülönítsük egyéb, epilepsziás rohamokkal járó állapotoktól, az akut szimptómás epilepsziás rohamoktól vagy a provokált rohamoktól: akkor beszélhetünk epilepsziáról, ha a spontán roham ismétlődik, vagy az ismétlődés kockázata magas. Kiemeljük, hogy a negatív EEG nem zárja ki, a pozitív EEG pedig nem igazolja az epilepsziát. Az epilepsziaprotokoll szerint végzett koponya-MR-vizsgálat kiemelendő, mert az epileptogén lézió kimutatása növeli annak a gyanúját, hogy (i) a paroxysmalis jelenség epilepsziás roham volt, (ii) fokális epilepsziás rohammal van dolgunk, (iii) nagy a roham ismétlődésének kockázata.