Az antibiotikum rezisztencia folyamatos növekedése jelentős népegészségügyi problémát jelent világszerte a legújabb globális elemzés alapján. Ebben elsősorban az antibiotikumok indokolatlan alkalmazása játszik szerepet, de fontos tényező használatuk az állattenyésztésben, valamint olyan bakteriális probiotikumok alkalmazása, amelyek mobilis formában tartalmazzák az antibiotikum rezisztencia géneket. Ez utóbbi miatt indokolt a Saccharomyces boulardii használata, hiszen az gombaként nem ad át rezisztencia gént a patogén baktériumoknak.