Az intézmény saját tulajdonú, belső területén található parkolója az elmúlt időszakban egyre nagyobb terhelésnek volt kitéve. Különösen hétköznapokon vált jellemzővé, hogy az Ausztriába és Szlovákiába ingázók hosszú időre elfoglalták a helyeket, így az egyetem munkatársai, hallgatói és vendégei számára gyakran nem maradt szabad kapacitás. A Széchenyi István Egyetem a parkolási rendszer átalakításáról az elmúlt hónapokban Novembertől sorompó védi az egyetemisták parkolóhelyeit Mosonmagyaróváron