A kegyelmi ügy kapcsán, amely után lemondott az akkori magyar köztársasági elnök, Novák Katalin, és politikailag belebukott Varga Judit is, sokan várták, hogy Balog Zoltán is komoly következményekkel kell, szembenézzen. Ugyan a lelkészi elnöki tisztségéről Balog lemondott, továbbra is püspök maradhatott. Most derült csak ki, hogy a református egyház zsinati bíróságának elnöksége csak intésben részesítette.