Mind a migrénnek, mind az úgynevezett „cluster” fejfájásnak erős kapcsolata van a cirkadián rendszerrel, vagyis azzal a belső órával, ami a testi folyamatainkat szabályozza. Ezért fordulhat elő, hogy ez a két fejfájástípus típusosan ugyanabban a napszakban és évszakban sűrűsödik.