Gyakori tünete a fejfájás fertőzéseknek, agydaganatoknak, koponyasérüléseknek, magas vérnyomásnak, agyi oxigénhiánynak, a szem, az orr-garat-fül és a fogak számos betegségének. Ezek a kórokok azonban csak a fejfájás miatt orvoshoz forduló betegek kis hányadában mutathatók ki. A fennmaradó nagy többség úgynevezett „tenziós” fejfájástól, migréntől vagy nem egykönnyen kimutatható szervi károsodás okozta fejfájástól szenved.